Pare che i pellegrini si fermassero a Bologna anziché proseguire per Roma, infatti si dice che proprio a Bologna fosse stata scoperta in quei giorni la tomba di S.Pietro, quindi non c’era motivo di affrontare i disagi di un viaggio fino a Roma.
Probabilmente Bonifacio IX tuonò che la tomba di S. Pietro era a Roma e non a Bologna, giacchè in quel periodo aveva ben altri problemi da affrontare, lo scisma di Occidente e quegli sciagurati di Avignone che gli davano pensiero.
Però è un fatto certo che nel 1399 sotto la chiesa dei Santi Vitale e Agricola in via S. Vitale 48, fu ritrovata una tomba d’epoca romana contraddistinta dal nome Simon.
Questo era il nome del primo discepolo che Gesù chiamava ”Kepha”, pietra. Non c’era dubbio, tanto che il sarcofago viene portato sull’altare e il vescovo fa suonare le campane. Il popolo festante accorre e la chiesa viene intitolata al principe degli apostoli.
Papa Bonifacio IX appena gli giunge notizia, ordina al Vescovo di Bologna di demolire la chiesa immediatamente, che lo sventurato Simon o chiunque sia venga seppellito in luogo segreto, di notte.
La scomunica si abbatta su chi farà parola del ritrovamento tra i fedeli. Al povero Vescovo bolognese toccò di chinar la testa e nel giro di pochi giorni la chiesa è abbattuta e la salma scomparsa.
Settanta anni dopo Sisto V, fa la pace coi bolognesi e consente di riaprire al culto la chiesa, ridedicata ai santi Vitale e Agricola. La chiesa viene completamente rifatta nel 1824.