Il Museo archeologico è gestito dalla Sezione archeologica della Soprintendenza Beni culturali e ambientali di Enna, in esso sono custoditi i reperti provenienti dagli scavi condotti a Morgantina dal 1955 in poi dalla Missione americana della Virginia University of America ed è ospitato nei locali dell’ex Monastero dei Cappuccini del XVII secolo. Il percorso, cronologico e topografico insieme, inizia con la preistoria a Morgantina e nel territorio di Aidone abitato fin dall’epoca neolitica; al primo piano nella Sala “Cittadella”, sono esposti i reperti provenienti dalla collina della “Cittadella” sede dell’insediamento greco di età arcaica, di cui si conservano sia la ceramica, tra cui un cratere attribuito al pittore greco Euthymides, sia alcune antefisse fittili figurate a testa femminile e a testa di Gorgone; nella sala sono , inoltre, esposti i corredi delle tombe di età arcaica e i materiali, tra cui molte statuette fittili femminili, provenienti dagli scavi del santuario extraurbano delle divinità ctonie in località San Francesco Bisconti, adiacente alla Cittadella. Nella sala “Serra Orlando” sono esposti i reperti provenienti dagli scavi della città di età greco classica, fondata da Ducezio nella metà del V secolo a.C., suddivisi nelle vetrine in base alla loro provenienza: dall’agorà, dagli edifici pubblici, dai santuari e dalle abitazioni dislocate sulle due colline che fiancheggiano a Est e a Ovest l’agorà. Nella vetrina 25, invece, sono esposti i corredi delle sepolture di età ellenistico-romana rinvenute al di fuori della cinta muraria antica di Serra Orlando. Si segnalano i grandi busti fittili femminili, molti dei quali conservati integralmente, che conservano evidenti tracce della loro originaria colorazione in rosso, rosa e celeste e le numerose statuette di “tanagrine. Nel refettorio del Convento è stato ricostruito uno spaccato dell’edificio termale di età ellenistica rinvenuto in contrada Agnese, di cui in due pannelli didattici vengono descritte la planimetria e le caratteristiche architettoniche, in due vetrine , invece, sono esposti i materiali in esso ritrovati.